Από το πλήθος των μαρτυριών καθόλη την περίοδο της τουρκοκρατίας, δε διασώζεται καμία αναφορά στην ύπαρξη κρυφών σχολείων, ούτε μνημονεύεται ως στοιχείο της προφορικής παράδοσης.
Σε αυτό το συμπέρασμα καταλήγουν δύο συστηματικοί μελετητές του θέματος, ο λόγιος Μανουήλ Γεδεών και ο ιστοριοδίφης Γιάννης Βλαχογιάννης. Στην Iστορία των του Xριστού Πενήτων (1939), o πρώτος αποφαίνεται πως η τουρκική κυβέρνηση «ουδέποτε εν ομαλή καταστάσει πραγμάτων εμπόδισε την εν νάρθηξι και κελλίοις διδασκαλίαν» σημειώνοντας πως «μέχρι σήμερον ουδαμού ανέγνω εν ομαλή καταστάσει πραγμάτων βεζίρην, ή αγιάνην, ή σουλτάνον εμποδίσαντα σχολείου σύστασιν, ή οικοδομήν...».
Το ίδιο σημειώνει λίγα χρόνια αργότερα και ο Βλαχογιάννης στη Νέα Εστία. Ο θρύλος του Κρυφού Σχολείου καλύπτει συνήθως μια περίοδο ενός αιώνα και πλέον μετά την άλωση. Με δεδομένη την επιβράδυνση που προκάλεσε η τουρκική κατάκτηση, μεμονωμένες προσπάθειες για κάποια εκπαιδευτική κίνηση θα ήταν, ωστόσο, τόσο αδύναμες ώστε τελικά να αφήσουν ελάχιστα ίχνη της παρουσίας τους.
Από το τέλος του 16ου αιώνα, χειρόγραφες και επίσημες μαρτυρίες που σώζονται και πραγματεύονται την κατάσταση της ελληνικής παιδείας, βεβαιώνουν την ίδρυση και λειτουργία ελληνικών σχολείων. Ο γερμανός ελληνιστής Μαρτίνος Κρούσιος, στο κυριότερο έργο του Turcograecia (1584), σημειώνει την παρουσία κοινών σχολείων, όπου τα παιδιά διδάσκονται ανάγνωση με χρήση εκκλησιαστικών λειτουργικών βιβλίων, όπως επιβεβαιώνει και ο ιερέας της γερμανικής πρεσβείας στην Κωνσταντινούπολη Salomon Schweigger.
Ο ιστορικός και αγωνιστής του 1821 Ιωάννης Φιλήμων, στο Δοκίμιον ιστορικόν περί της Φιλικής Εταιρείας που εκδόθηκε το 1834, αναφέρει ειδικότερα πως η ελεύθερη σύσταση ελληνικών σχολείων οφειλόταν στη γενικότερη αμάθεια των Τούρκων, οι οποίοι, κατά τον Φιλήμων, αγνοούσαν ποιά μέτρα θα ωφελούσαν το πολιτικό σύστημά τους, υπονοώντας την απαγόρευση των σχολείων. Εξάλλου, η αλληλουχία παιδεία-εθνική συνείδηση αναπτύχθηκε και έγινε κοινή συνείδηση πολύ αργότερα, συγκεκριμένα στα χρόνια της Επανάστασης.
Ενδελεχή μελέτη για την κατάσταση των ελληνικών γραμμάτων από την άλωση της Κωνσταντινούπολης μέχρι το 19ο αιώνα παρέδωσε επίσης ο Ματθαίος Παρανίκας, στο Σχεδίασμα (1867), όπου απουσιάζει οποιαδήποτε αναφορά σε ενδεχόμενη ύπαρξη κρυφών σχολείων. Στο έργο του, ο Παρανίκας, παρέχει λεπτομερείς πληροφορίες για σχολεία και δασκάλους που δίδαξαν σε πολλές περιοχές της Ελλάδας. Γεγονός πρέπει να θεωρείται η γενικότερη αναβίωση της ελληνικής παιδείας από το 17ο αιώνα, όπως περιγράφεται από τον Παρανίκα αλλά και από άλλους ιστοριογράφους όπως ο Κωνσταντίνος Παπαρρηγόπουλος, και συνοδεύεται από την ίδρυση αρκετών σχολείων. Για τη μελέτη θεμάτων της εκπαίδευσης, το έναυσμα έδωσε το 1865 ο Ροδοκανάκειος Φιλολογικός Αγών με την προκήρυξη διαγωνισμού με αντικείμενο την ιστορία της ελληνικής παιδείας από την άλωση της Κωνσταντινύπολης μέχρι το 1821.
Υποβλήθηκαν εργασίες από τους Παναγιώτη Αραβαντινό και Κωνσταντίνο Σάθα, με τον τελευταίο να βραβεύεται τελικά για το μέρος της έρευνάς του που αφορούσε στους λογίους και στο γλωσσικό ζήτημα, καθώς θεωρήθηκε πως η μελέτη του Παρανίκα, που είχε ήδη δημοσιευθεί, κάλυπτε επαρκώς τα θέματα που άπτονταν των ελληνικών σχολείων. Σε καμία από αυτές τις εργασίες δε συναντάται αναφορά στην ύπαρξη Κρυφού Σχολείου. Συμπληρωματική της εργασίας του Παρανίκα είναι και η μελέτη του Τρύφωνος Ευαγγελίδου, Η παιδεία επί Τουρκοκρατίας (1936), όπου κατέγραψε ακόμα περισσότερα σχολεία, βασισμένος σε πρόσθετες πηγές στις οποίες δεν είχε πρόσβαση ο Παρανίκας. Γνωστά είναι, εξάλλου, ορισμένα από τα μεγαλύτερα εκπαιδευτήρια του υπόδουλου ελληνισμού, όπως η Μεγάλη του Γένους Σχολή στην Κωνσταντινούπολη, η Ευαγγελική Σχολή Σμύρνης και άλλα σχολεία σε πολλές περιοχές της οθωμανικής αυτοκρατορίας. Μαρτυρίες για ελεύθερη ίδρυση και λειτουργία σχολείων αντλούνται επίσης από ξένους περιηγητές, όπως τον άγγλο αξιωματικό Ουίλιαμ Μάρτιν Ληκ που επισκέφτηκε την Ελλάδα κατά τη διάρκεια της επανάστασης, αν και τέτοιες μαρτυρίες θεωρούνται εν γένει μικρότερης αξίας από τις πρωτογενείς ελληνικές πηγές.
Αν και υπάρχουν πολλές ιστορικές μαρτυρίες που βεβαιώνουν περιπτώσεις αυθαιρεσιών σε τοπική κλίμακα, στις σύγχρονες πηγές δεν καταγράφεται καμία σχετική με απαγόρευση ίδρυσης ή λειτουργίας σχολείου. Στον Λόγιο Ερμή, φιλολογικό περιοδικό του 1811 που εκδόθηκε στο Βουκουρέστι αναφέρεται το άνοιγμα σχολείων στα εδάφη της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, «αδεία των κρατούντων» (με άδεια των αρχών) στην Κωνσταντινούπολη, στις Κυδωνιές της Μικράς Ασίας, στη Χίο και αναφέρεται η οργάνωση λυκείων στη Σμύρνη και στη Θεσσαλονίκη.